خانواده آیت الله سید علی خامنهای چهار پسر و دو دختر دارند و سید مصطفی، بزرگترین فرزند این خانواده به شمار میرود. ایشان سالها در کنار فعالیتهای علمی، در مراسمهای رسمی و مذهبی مرتبط با رهبر انقلاب نیز حضور داشتهاند، اما همواره از حضور پررنگ در فضای رسانهای پرهیز کردهاند. در آیین تشییع و خاکسپاری پیکر آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای، رهبر فقید جمهوری اسلامی ایران، یکی از لحظات مورد توجه، اقامه نماز میت بر پیکر ایشان توسط فرزند ارشدشان، آیت‌الله سید مصطفی خامنه‌ای، در حرم مطهر امام رضا(ع) بود. این مراسم پیش از انجام فرآیند دفن و در جوار بارگاه ملکوتی امام هشتم شیعیان برگزار شد؛ جایی که جمعی از مسئولان، شخصیت‌های حوزوی، سیاسی و اقشار مختلف مردم برای بدرقه پیکر ایشان حضور یافته بودند. آیت‌الله سید مصطفی خامنه‌ای که سال‌ها در حوزه علمیه به فعالیت‌های علمی و حوزوی مشغول بوده است، در این مراسم به عنوان فرزند ارشد، نماز میت را بر پیکر پدر خود اقامه کرد؛ آیینی که در سنت شیعی، علاوه بر جنبه عبادی، جایگاه ویژه‌ای در مناسک تشییع شخصیت‌های دینی و اجتماعی دارد. اقامه نماز توسط فرزند بر پیکر ایشان، در فضای حرم امام رضا(ع)، به یکی از تصاویر ماندگار این مراسم تبدیل شد.
